Seperti tahun-tahun sebelumnya, awal tahun ajaran baru diawali dengan Masa Orientasi Siswa (MOS) atau FORTASI di SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta digelar selama 3 hari tanggal 15-17 Juli 2013. Pembukaan Tahun ajaran baru diawali dengan upacara sekaligus secara simbolis membuka MOS/FOTASI 2013/2014 di SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta.