Bertepatan dengan Hari Kemerdekaan RI yang ke-68, SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta mengadakan upacara bendera di kampus SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta, Komplek Perguruan Muhammadiyah Purwodiningratan Yogyakarta. Libur sekolah dalam rangka hari raya Idul Fitri sekitar 2 minggu dan secara formal masuk tanggal 19 Agustus 2013, namun tanggal 17 Agustus bersamaan dengan upacara bendera kita gelar Syawalan siswa dengan guru dan karyawan SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta, terang ibu Dra. Murniati selaku Wakasek Urusan Kesiswaan menyampaikan setelah selesai acara upacara dan syawalan.
Sedangkan Syawalan khusus Guru/karyawan dan mantan Kepala Sekolah dan Guru/Karyawan diadakan jam 10.00 wib.