Salah satu pelaksanaan program sekolah berkenaan dengan peningkatan pemahaman pendidikan agama untuk seluruh siswa, SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta menggelar Pesantren Ramadhan yang merupakan program rutin setiap tahun yang diselenggarakan di kampus sekolah komplek Perguruan Muhammadiyah Purwodiningratan Yogyakarta pada tanggal 24-25 Juli 2012.
Untuk pelaksanaa program pesantren Ramadhan tahun ini berbeda mengenai pesertanya dari tahun sebelumnya. Pesantren tahun ini di bagi menjadi 2 kelompok Putra dan Putri. Untuk siswa putri dilaksanakan Selasa 24 Juli 2012 dan siswa putra dilaksanakan Rabu 25 Juli 2012. Tahun sebelumnya pelaksnaan dibagi berdasarkan tingkatan kelas.
Materi yang disampaikan pada pelaksanaan Pesantren Ramadhan di SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta ini antara lain ; Kultum, Diskusi seluruh Siswa, Praktek Wudlu, Sholat dan Baca Al Qur’an.
Tujuan dari kegitatan tersebut Supaya kelak siswa-siswi SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta memiliki imtaq yang kuat setelah menyelesaikan pendidikannya. Selain itu supaya bapak ibu guru mengetahui siswa-siswi yang belum bisa melaksanakan ibadah yang sesuai dengan syariat islam dan nantinya dapat di bimbing secara Perseorangan. Acara berjalan dengan lancar dan diakhiri kurang lebih pukul 21.00 WIB diakhiri dengan ceramah singkat oleh Bapak Suyanto.