Selama pembukaan New Normal SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta tetap melangsungkan kegiatan keagamaan sholat dan mengaji bagi guru maupun karyawan.
Dengan mengadakan sholat dan mengaji secara normal, guru maupun karyawan tetap harus menjaga jarak aman sebagai tindak lanjut pencegahan. Selain sholat dan mengaji, tak lupa juga adanya kultum sebentar sebagai selingan dan edukasi bagi guru karyawan.