SMA Muhammdiyah 5 Yogyakarta telah selesai dalam visitasi dari Badan Akreditasi Propinsi yang dilaksanakan 10-11 Oktober 2013. Selama 2 hari Asesor mengecek secara lngsung administrasi dan realita kondisi sekolah yang berada di Komplek Perguruan Muhammadiyah Purwodiningratan Ngampilan Yogykarta ini.
Menilik hasil Akreditasi 5 tahun yang lalu, berdasar tanggal Penetapan: 22-Nov-2008 diperoleh nilai ; Nilai Akreditasi: 92.43 Peringkat Akreditasi: A.