Pelaksanaan Akreditasi bagi sekolah untuk tahun 2018 cukup banyak terutama di wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta. SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta akan mengikuti penilaian visitasi pada tahap kedua yang akan digelar pada akhir Oktober sampai pertengahan bulan November 2018. Sehinga sekolah baik dari guru atau karyawan serta siswa sudah mempersiapkan dokumen administrasi.
Untuk pemenuhan administrasi Standar Isi, Standar Proses, Standar Kelulusan, Standar Pendidikan dan Tenaga Kependidikan, Standar Sarana Prasarana, Standar Pengelolaan, Standar Pembiayaan dan Standar Penilaian.