Memasuki tahun ajaran baru 2012/2013 di SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta diawali dengan MOS (Masa Orientasi Siswa). Di hari pertama masuk Senin 16 Juli 2012 pada upacara bendera, MOS dibuka secara resmi oleh Plh Kepala Sekolah bapak Drs. Suyanto dengan pelepasan balon dan 100 burung.
Pelaksanaan MOS digelar selama 3 hari tanggal 16-18 Juli 2012, di kampus SMA Muhmmadiyah 5 Yogyakarta Komplek Perguruan Muhammadiyah Purwodiningratan Ngampilan Yogyakarta.
Materi MOS di hari pertama antara lain Pengenalan Sekolah, Akhlak Budi Pekeri, Kebijakan Sekolah, Praktek Ibadah dan Game. Di hari kedua materi Al Islam dan Kemuhammadiyahan, Tata Terib Sekolah, IPM Ranting. Untuk hari ketiga materi Orasi dan Pentas kreatifitas siswa.
Di penutupan MOS akan diselingi pementasan wayang oleh dalang Yadi Kenci dari Imogiri Bantul Yogyakarta.