SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta menjelang akhir tahun pelajaran 2011/2012 menggelar Wisuda dan Pentas Seni di gedung kesenian Purawisata Yogyakarta pada Sabtu (2/6) dari dimulai jam 8.00 pagi sampai jam 13.00 wib. Acara yang diadakan tiap tahun ini melibatkan seluruh warga sekolah baik siswa guru dan karyawan, serta alumni dan mantan guru/karyawan SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta. beberapa tahun terakhir acara seperti ini diselenggarakan di sekolah, dan tahun 2012 ini kembali mulai digelar di luar seperti dulu di sekitar tahun 1990-2000 selalu diadakan di luar.
Acara diawali dengan karawitan bapak guru/karyawan SMA Muhmmadiyah 5 Yogyakarta yang dipelopori oleh bapak Drs. Suyanto yang juga menjabat sebagai PLH Kepala Sekolah setelah masa purna tugas jabatan ibu Dra. Hj. Sri Istifada MSi, dilanjutkan Wisudawan-wisudawati memasuki ruang wisuda dengan diiringi karawitan kebo giro. Secara resmi acara diawali dengan pembacaan kalam Ilahi dan menyanyikan lagu Indonesia Raya.
Prosesi wisuda dengan pengalungan samir oleh PLT kepala sekolah bapak Drs. H. HERYNUGROHO, M.Pd yang juga seabagai kepala sekolah definitif di SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta.
Selesai prosesi Wisudah dilanjutkan dengan sambutan-sambutan dan Pentas Seni yang melibatkan siswa dan Alumni SMA Muhammadiyah 5 Yogyakarta dan beberapa band dari luar. Kesenian yang ditampilkan berupa Paduan Suara, Tari, Puisi, Muter (Muma Teater), Nyanyi (hip-Hop ) dan beberapa grup band baik dari lokar siswa maupun dari luar sekolah antarai lain ; Spirit Junior, Nice Boy, No Name kids, Last Child Band.